Grace's Tech Blog

Bio.SeqUtils 모듈 사용¶ Bio.SeqUtils 모듈은 4-1에서 진행했던 GC-contents간단 계산과 서열의 무게 계산, 유전 서열에서 나올 수 있는 모든 아미노산 서열을 정리해서 보여주는 메서드를 포함하고 있다. In [2]: from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqUtils import GC In [3]: #1. Bio.SeqUtils로 GC-contents 계산 exon_seq = Seq("ATGCAGTAG") gc_contents = GC(exon_seq) #Bio.SeqUtils로 GC-contents 계산 #Bio.SeqUtils을 사용하지 않았다면, (exon_seq.count("G")+exon_seq.count("C")/len(exon_seq))*1..

Sequence object is basic topic of biopython. In this chapter, studying what a Sequence object is, and use it to handle target gene sequence. For Training, we use the 'TATA Box sequence'. In [1]: import Bio In [2]: # 1. Create Sequence Object from Bio.Seq import Seq tatabox_seq = Seq("tataaaggcAATATGCAGTAG") print(tatabox_seq) print(type(tatabox_seq)) tataaaggcAATATGCAGTAG There should be informa..

https://mm.tt/1412168428?t=DcgXX2Qe0O Machine Learning Hyeonjeong Jeong님이 공유하신 마인드맵 www.mindmeister.com

To get specific information from a file, you need to understand the file format. This is because you need to know what type of data a file contains to get information. Therefore in this chapter, I learned about the variant types of files for dealing with bioinformatics. 1. FASTA/FASTQ FASTA: format represents nucleotide sequences or protein sequences in a text based format. FASTQ: format include..

Chapter2는 Biopython Installation이라 https://anaconda.org/anaconda/biopython Biopython :: Anaconda Cloud Description Biopython is a collection of freely available Python tools for computational molecular biology anaconda.org 을 설치하는 것으로 간단히 마무리 되었습니다.

제 1장. 바이오파이썬 소개 바이오파이썬이란 생물정보학 프로그래밍을 위한 파이썬 라이브러리입니다. 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들에는 생물정보학에서 자주 사용하는 파일 포맷에서 필요한 부분을 가져오는 파싱 작업을 할 수 있습니다. ex) FASTA파일 파싱 유전체 서열정보를 문자열 수준에서 다룰 수 있습니다. 즉, 위의 작업으로 가져온 서열 데이터를 파이썬의 문자열을 다루듯 쉽게 처리할 수 있습니다. ex) PubMed 검색 웹 정보를 가져와 다량의 정보를 쉽게 자동화해 처리할 수 있습니다. ex) GenBank 검색 생물정보학에서 사용하는 툴을 사용하여 여러 작업을 진행할 수 있습니다. ex) BLAST를 사용하여 서열 찾기 이번 장에서는 바이오파이썬에 대해 간단히 알 수 있는 장이었습니다.